大豆菌核病的病原菌以菌核在土壤中、病殘體內或混雜在種子中越冬，越冬菌核在適宜條件下萌發，產生子囊盤，並釋放子囊孢子，借接觸或氣流傳播蔓延進行初侵染，再侵染則通過病健部接觸菌絲傳播蔓延，條件適宜時，特別是大氣和田間濕度高，菌絲迅速增殖，2～3天後健株即發病。
大豆菌核病的病原菌以菌核在土壤中、病殘體內或混雜在種子中越冬，越冬菌核在適宜條件下萌發，產生子囊盤，並釋放子囊孢子，借接觸或氣流傳播蔓延進行初侵染，再侵染則通過病健部接觸菌絲傳播蔓延，條件適宜時，特別是大氣和田間濕度高，菌絲迅速增殖，2～3天後健株即發病。
該病在陰雨連綿的年份，發生重，地勢低窪和重茬地發生重。此外，施有氮肥過多，大豆生長繁茂，莖稈軟弱，倒伏地段發生重，過度密植田，發病率重。揚花期長的品種更容易感病。寬壟種植，株間增加通風，可以減輕病害。
病症：
苗期染病莖基部褐變，呈水漬狀，濕度大時長出棉絮狀白色菌絲，後病部幹縮呈黃褐色枯死，幼苗倒伏、死亡。成株期症狀成株期染病主要侵染大豆莖部，田間植株上部葉片變褐枯死。豆莢染病呈現水浸狀不規則病斑，莢內外均可形成較莖內菌核稍小的菌核，可使莢內種子腐爛、幹皺、無光澤，嚴重時導致莢內不能結粒。
病害發生後結合氣候條件加強病情調查，及時藥劑防治是生產上比較有效的控製措施；大豆菌核病病菌子囊盤發生期與大豆開花期的重疊盛期是大豆菌核病的防治適期。
防治方法：
選用耐病品種，排除種子中混雜的病菌核；與禾本科作物輪作倒茬，可顯著減少田間菌核的積累，避免重茬、迎茬；收獲後應及時深翻，及時清除和燒毀殘莖以減少菌源；大豆封壟前注意及時中耕培土；注意平整土地，防止積水和水流傳播。
化學防治；菌核病病菌子囊盤發生期與大豆開花期的重疊盛期是菌核病的防治最佳期。噴施50%速克或40%菌核淨可濕性粉劑1000倍液;50%撲海因可濕性粉劑1200倍液;可噴施50%多菌靈可濕性粉劑500倍液等。
