玉米種子發芽率一般要求發芽率在95%以上，如果達不到會影響玉米出苗長勢，對玉米產量有很大的影響。
玉米種子發芽率低原因：
一、種子生產成熟度差：
從種子專業理論來說，種子本身的發芽率與種子生產呈正相關，種子後熟好，成熟度高，發芽率和發芽勢就高。在我國高海拔地區玉米製種，玉米生育灌漿中後期氣溫開始下降，不能滿足種子正常成熟所需要的充足的光照和有效積溫，就導致種子成熟度受影響，相當一部分雌穗不能很好的成熟脫水，作為大田用種發芽率就不足。
二、作物病害、蟲害影響：
玉米製種親本組合中，由於個別自交係抗病蟲性差，易感雜玉米穗腐病、大斑病、玉米螟的危害，種子收獲時與正常種子外表無差別，而倉貯一段時間由於穗腐粒腐的感染，發芽率明顯降低。
三、種子含水量的影響：
種子水分是影響發芽率的關鍵因素。玉米種子收獲時一般含水量在20～30%之間，如果晾曬不及時或方法不當，很容易造成“捂種”或“凍種”。一般收獲後在陽光下攤開曬10～15天即可。晾曬期間要勤翻幾遍，陰雨天要苫蓋，待種子胚部堅硬時（含水量達13%）放於通風幹燥處即可。玉米種子發生黴變的主要原因是在收獲後水分高的情況下堆積發熱造成的，其規律是水分越高，堆溫上升越快，發芽率降低越迅速。近幾年我們采用站稈扒皮技術，促進水分蒸發和風化。促進後熟，降低水分，對提高種子發芽率有很好的作用。
四、外界溫度的影響：
玉米種子在10～12℃以上時才能發芽，在籽粒灌漿成熟期要求溫度不高於25℃，不低於16℃，種子凍害的主要原因是低溫度，其規律是水分越高，低溫持續的時間越長，發芽率降低的越迅速。
五、機械脫粒影響：
種子機械脫粒無論水分過高或過低，脫粒時都易傷到籽粒胚部造成畸形苗的增加，影響種子發芽率。
六、種子生活力的影響：
玉米種子在儲藏過程中，儲藏時間超過一定年限，種子在呼吸代謝的過程中，有毒物質的不斷積累，以及營養物質損耗都在逐漸的降低種子的活力，種子活力就會逐漸減弱，至完全消失，從而降低種子的發芽率。
玉米種子發芽率低怎樣預防：
1.因地製宜
因品種而宜，開展玉米雜交製種工作要充分考慮當地的光熱資源，選擇合適的製種基地。開展玉米雜交製種工作要適時早播，以促進玉米種子提早成熟。技術上可以采用地膜玉米製種的方法，同時可在後期，氣溫變化時，采用砍父本，摘除母本穗上部分葉片等方法，增加光照，通風，促進種子成熟。
2.加強田間管理
根據玉米生長發育的各個時期，合理施肥灌水。加強肥水管理，尤其是加強成熟期間的管理，把握灌漿水，使其既保證玉米種子灌漿成熟所需水分，又防止貪青晚熟，造成收獲時含水量過高。也可在玉米後期，采用站稈扒皮技術，促進種子後熟迅速脫水，效果非常明顯。
3.強化製種技術創新
現階段摸苞抽雄既是保障玉米雜交種的純度和提高製種產量的有效技術措施，推廣摸苞抽雄技術可有效的減少植株養分損耗，促其養分轉移到果穗上，促母本雌穗早吐絲，可利於促進製種田種子早熟。
4.適期收獲，充分脫水，確保種子生產質量
當籽粒飽滿強韌，苞皮鬆散，葉片基本幹枯時收獲，這時種子產量高，發芽勢和發芽率*。一般掌握在平均氣溫18～20℃，秋高氣爽，早霜來臨之前及時收獲晾曬。玉米種子收獲後，要充分利用自然光、熱條件，促其盡快脫水後熟，嚴禁集中堆大堆，春播地區可扒光雌穗扔在製種田，勤翻動，以便降低種子的含水量。也可在庭院用木頭架起單項堆放，待水分為15～18%時方可脫粒。脫粒後的玉米種子應及時攤曬，攤曬厚度以4厘米為宜。用木製掀翻曬對種子損傷*小，晚間要收獲或用篷布蓋住，防止降溫帶來的凍害。防止種子的發芽率受到影響。當種子水分不高於13%的安全指標時，方可入倉貯藏。
5.科學保管，嚴防鼠蟲危害
玉米種子屬於常命種子類型，一般條件下能貯藏2年。因此庫房內的小氣候直接影響種子壽命，應注意保證庫內相對濕度不要過高；監視垛內溫度，過高時要及時曬種子；貯存過夏的種子和親本要抓春天幹燥天氣晾曬至種子含水量13%以下時入庫；種子庫內禁放化肥、農藥以及其它化學品，防止“熏種”；消滅倉庫害蟲。嚴把種子入庫關，做好清倉消毒改善倉儲條件。加強管理做到定期定點仔細檢測。庫房管理達到“五無”標準。對於越冬的玉米種子應選擇在較低溫度條件下儲藏，確保種子安全越冬。
