防治玉米莖基腐病要選用抗耐病品種。在選擇品種時，可考慮選用玉米高矮適中、葉片較厚且蠟質較多的品種，對病菌的侵染效果較明顯。移栽前一兩天，用玉米種衣劑亮盾(或艾科盾)1500倍處理苗盤中的玉米苗。種植抗耐病品種是防止玉米莖基腐病和玉米細菌性莖腐病發生的最有效措施。
玉米莖基腐病又可以稱為玉米青枯病或者莖腐病，是玉米病害中最嚴重之一。
玉米莖基腐病是由多種病菌單獨或複合侵染引起的一種病害，主要危害玉米的植株莖稈和葉鞘。在苗期表現為莖基腐，在成熟期表現為青枯，也叫玉米青枯病。
玉米莖基腐病初期會變成白色，後變為粉紅色黴狀物。當平均溫度在30℃左右，相對濕度在70%以上的時候開始發病，當溫度達到32℃左右的時候發病速率最快。地勢、空氣、水源會影響玉米莖基腐病的發病率。
防治玉米莖基腐病要選用抗耐病品種。在選擇品種時，可考慮選用玉米高矮適中、葉片較厚且蠟質較多的品種，對病菌的侵染效果較明顯。移栽前一兩天，用玉米種衣劑亮盾(或艾科盾)1500倍處理苗盤中的玉米苗。種植抗耐病品種是防止玉米莖基腐病和玉米細菌性莖腐病發生的最有效措施。
選擇適中的密度，保持田間的通風透光，對低窪地要開好溝係，處於雨季時要在暴雨過後及時疏通溝係。過度密植可造成田間鬱閉、通風透光不良而加重病情，因此要合理密植，改善農田小氣候，創造良好的生長環境。
重病地塊在灌漿期，雨後馬上用丁銳可或必備淋施莖基部或者在甜玉米生長的大喇叭口期，噴施預防真菌、細菌的藥劑，有條件的地方應實行輪作倒茬，可防止土壤中病原菌的積累，有效預防病害的發生。
玉米收獲後徹底清除田間病株殘體，集中燒毀或高溫漚肥，減少田間初侵染來源。把病株割除帶出田外，然後用生石灰封閉病穴（可以撒生石灰粉或灌注生石灰水）以阻斷蔓延。
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