1、搞好豬舍的清潔消毒工作。採用全進全出的飼養模式，每批豬調出後必須嚴格清洗欄舍。2、搞好產房環境。保持產房的清潔、衛生和幹燥，衛生糞便和墊草等汙物要進行集中無害化處理。3、變換飼料種類時，要注意逐步過渡，不可突然更換。加強飼養管理，飼料應多樣化，增強機體抵抗力。、

治療：將藥物添加在飼料中預防哺乳仔豬球蟲病，效果不理想；把藥物加入飲水中或將藥物混於鐵劑中可能有比較好的效果；個別給藥是治療本病最佳效果。磺胺類：磺胺二甲基嘧啶、磺胺間甲氧嘧啶、磺胺間二甲氧嘧啶等，連用7～10天。抗硫胺素類：氨丙啉、複方氨丙啉、強效氨丙啉、特強氨丙啉、SQ氨丙啉，每千克體重20毫克，口服。均三嗪類：殺球靈、百球清，3～6周齡的仔豬口服，每千克體重20～30毫克。莫能黴素，每1000千克飼料加60～100克；拉沙黴素，每1000千克飼料加150毫克，喂4周。

4、對於球蟲病的高發地區需要定時添加抗球蟲藥物並注意及時更換藥物種類。對已經出現臨牀症狀的病豬，添加磺胺類藥物對該病有一定的抑製作用，磺胺類藥物主要作用於寄生蟲的無性繁殖階段，