黑藻的莖是伸長的，它的莖上長有很多分枝，它的莖大多呈圓柱形，黑藻的植株表麵有很多縱向生長的細棱紋路，它的植株質地很脆。黑藻會在每年5～10月開花，它的花朵爲單休，是雌雄異株的，具有一定的觀賞性。