盆栽百合因爲數量少且種於盆內，所以花後護理一般來說比較簡單。百合花在花謝後植株就會漸漸發黃、枯萎。花友可以把枯萎的地上部分去掉，不必取出鱗莖沙藏，也不用澆水、施肥，連盆帶泥一起放到雨淋不到，陽光直射不到的陽臺邊角，到第二年春天再取出鱗莖，分種在盆中。碰到氣候異常，百合在11、12月便發芽，這種情況下，發芽後即可分栽。