金魚藻的子房爲卵形，花柱爲鑽狀。其花期在6至7月，果期在8至10月。金魚藻雄花成熟後，雄蕊會脫離母體，以花葯尾端的小浮體使其上升到水麵，並開裂散出花粉，花粉比重較大，慢慢下沉到雌花柱頭上，進行授粉。