生產優質、富有營養的食品是有機生產的目標之一。應根據市場需求，選擇適應當地土壤與氣候環境生長，並具有品質優良、營養豐富、市場前景好、銷路廣的種或品種。
有機蔬菜種子種苗基本要求
冬春季保護地栽培的番茄，應選擇耐低溫、耐弱光性好、抗灰黴病、抗晚疫病的種子；冬春季保護地栽培的黃瓜，應選擇耐低溫、耐弱光性好、抗霜黴病的種子；夏秋季種植黃瓜，應選擇耐高溫、結瓜性強、抗病毒病種子。
1、有機食品標準的要求
按照有機食品標準的要求，應選擇有機蔬菜種子或種苗。當從市場上無法獲得有機種子或種苗時，可以選用未經禁用物質處理過（如種子包衣）的常規種子或種苗，但應製訂獲得有機種子和種苗的計劃。
2、品種的選擇
選擇適應當地的土壤和氣候特點、對病蟲害具有抗性的蔬菜種類及品種。在品種的選擇中應充分考慮保護蔬菜的遺傳多樣性。盡可能選擇生長期短、成熟期早的種類或品種適時播種，避開蔬菜病蟲害發病嚴重時期。
3、選擇無病毒種苗
選擇無病毒種苗是控製蔬菜病毒病的唯一途徑。不允許使用任何通過基因工程獲得的種子或種苗。盡量選擇生長健壯、抗病蟲、抗汙染能力強、對有害物富集量較少的種或品種（種子）。
4、禁止使用經禁用物質和方法處理的種子和種苗
禁止使用化學包衣種子，除非進行包衣的物質是有機蔬菜生產允許的，例如可以使用微生物包衣種子，以控製各種土傳性病害及苗期病害。
5、栽培方式
不同蔬菜對栽培方式、土壤條件等要求也不同。在種類和品種確定以後，可以進行嫁接栽培的優先使用嫁接苗。
病蟲害少的蔬菜有山藥、芋頭、菠菜、甜菜類、胡蘿卜、水芹、香芹、芹菜、茴香、牛蒡、萵苣、紫蘇、薄荷、薑、韭菜、大蔥、大蒜、洋蔥等。
