在靈芝子實體培養過程中，由於培養條件不合適，往往不能發育正常形態的菌柄和菌傘，而是長成各種奇特的形狀，也就是所謂的畸形。
在靈芝子實體培養過程中，由於培養條件不合適，往往不能發育正常形態的菌柄和菌傘，而是長成各種奇特的形狀，也就是所謂的畸形。
主要有以下幾種情況：
1、鹿角狀畸形：
在菌柄生長時出現很多分枝，越往上長分枝越多，而且漸漸變細，在菌柄的頂端不發育菌傘。出現這種畸形的原因主要是培養室通氣不良，二氧化碳含量過高，溫度、濕度、光照等較為合適。預防這種畸形的辦法是提高培養的溫、濕度，同時適當地通風透氣。
2、菌柄細長而彎曲：
菌柄分化，但菌柄不產生分枝，成一細長條，向有光的一側彎曲。產生畸形的原因主要是培養室光照不足；培養室中光照過弱；改進的辦法是在培養室向陽的一麵增加光照。
另外，當溫度、濕度變化不定，通風和光照又不適宜時會出現腦狀畸形；溫濕度是子實體得以生長發育的重要條件，如果溫濕度得不到滿足，子實體根本不生長或生長發育遲緩；通風和光照則是子實體正常生長發育的重要因素；當通風和光照不合適時，靈芝發育成不正常的畸形。
靈芝菌絲中含有85％～90％的水分；水分是菌絲體的重要組分，也是靈芝生長中運送營養物質和細胞代謝物的載體；靈芝整個生長過程中都離不開水。
靈芝對基質（培養料）含水量的要求：
在基質含水量為30％～80％的範圍內菌絲可以生長，最適宜的含水量為60％～70％。如基質中含水量低於30％，菌絲則處於休眠狀態，停止生長或分化；如含水量高於80％，由於基質中氧氣含量過低，也會導致菌絲休眠或者腐爛。不同的培養料，其含水量也不同。顆粒較為均勻的棉籽殼，含水量在60％左右；顆粒較粗的玉米芯、甘蔗渣等，含水量為65％～70％；而用櫟木栽培靈芝時，所截段木的含水量一般在40％左右。
