儲藏小麥，重點是防蟲蛀、防黴變、防鼠害等。由於小麥吸濕性能力強，儲藏應注意降水、防潮。應充分利用小麥收獲後的夏季高溫條件進行曝曬，使小麥水分控製在12.5%以下，再行入庫。
一、熱密閉法
熱密閉貯藏小麥，可以防蟲、防黴，促進小麥的後熟作用，提高發芽率。
小麥趁熱入倉密閉儲藏，是我國傳統的儲麥方法。通過日曬，可降低小麥含水量，同時在暴曬和入倉密閉過程中可以收到高溫殺蟲製菌的效果。對於新收獲的小麥能促進後熟作用的完成。在麥溫達到42℃以上，最好是50～52℃，保持2小時，然後趁熱放進經晾曬處理的缸或其他儲具內，然後用經過消毒的物料進行壓蓋，最後用薄膜密封儲具口，用繩紮緊，不至漏氣，使儲具內的麥溫達到40℃以上，保持8～10天，殺死害蟲卵、蛹、幼蟲及成蟲，從而達到聚熱殺蟲的效果。
二、低溫貯藏法
小麥雖能耐高溫，但在高溫下待持續儲藏長時間也會降低小麥品質。因此，可將小麥在秋涼以後進行自然通風或機械通風充分散熱，並在春暖前進行壓蓋密閉以保持低溫狀態。低溫儲藏是小麥長期安全儲藏的基本方法。
三、缺氧保管法
缺氧儲存主要是利用小麥後熟期長及入缸溫度高、呼吸旺盛的特點，在密閉情況下進行的一種自然缺氧保管方法。儲具內的氧氣隨著小麥和害蟲及微生物的呼吸而逐漸減少，5～10天即能使氧氣濃度降到2%～5%，二氧化碳濃度增加到40%～50%，保持一段時間可使害蟲窒息死亡。需要特別注意的是，小麥水分應控製在12.5%以下，平均糧溫應保持在30℃以上。
