部分品種感病嚴重，特別是高賴氨酸玉米和糯質、甜質及結構疏鬆的粉質型玉米；
1、品種影響；
部分品種感病嚴重，特別是高賴氨酸玉米和糯質、甜質及結構疏鬆的粉質型玉米；“青稈成熟”，果穗直立、花絲多、苞葉長而厚、籽粒排列緊密、穗軸含水量高、水分散失慢的玉米品種更易感病。果穗花絲少、苞葉薄、不開裂、收獲前成熟下垂的品種，雨水不易淋入，抗病性好。
2、氣候影響；
在溫度15℃~28℃，相對濕度75%以上時有利於病菌侵染和流行。高溫多雨多濕及玉米蟲害發生偏重的年份，穗腐和粒腐發生嚴重，9月~10月降雨及陰天天數較多也是發病關鍵。穗腐病發生程度與生長季降水量呈正相關，生長季降水量高有利於病原菌的擴散和蔓延，從而使穗腐病加重，降水量小則發病輕。
3、害蟲侵染；
害蟲活動有助於玉米穗腐病菌的侵染，為從空中傳播而來的真菌分生孢子和菌絲提供感染機會，通過生長、繁殖繼而侵染正在生長的玉米籽粒。國內玉米穗腐病的害蟲主要是亞洲玉米螟和棉鈴蟲。
4、秸稈還田影響；
秸稈、穗軸、根茬是玉米穗腐病病菌越冬存活的有利場所，未處理的秸稈提供了翌年植株的侵染源，導致玉米穗腐病等病害的發生和加重。
5、品種連作；
同一地塊大麵積的連作也是引起玉米穗腐病發生的重要原因，品種連作會引起土壤中帶菌量每年增加5~10倍，因為作物連作時會使土壤中作物病殘體增加，進而增加土壤中次年侵染玉米幼苗的初始菌量。
6、栽培管理不當；
在種植玉米的密度不恰當、肥料施用單一易造成種植密度過大、田間通風透氣性差，使田間形成高溫小氣候，從而為病蟲害的滋生創造了條件。另外，提前收割的玉米中含水量較大，又沒有及時晾曬極易造成玉米的腐爛和發病。
