薑荷花的種球保存時，先要采收，經過清洗、修剪、消毒殺菌後風幹，避免在采收的時候傷害到子球和球莖外皮。保存種球要在不低於20℃的環境之中，保溫保濕通風。優質的種球保存和成活率高，建議以優質種球操作。
1、修剪分球
將需要保存的薑荷花種球從生長環境中取出，根莖上會有球莖，根據3個球搭配一段根莖的比例進行修剪。然後對根莖部位進行清洗、消毒、殺菌後，放在陰涼環境下風幹，等待下一步操作。
2、避免損傷
無論是在修剪薑荷花的過程中，還是為薑荷花修剪、消毒的操作中，都需要特別注意外皮的狀況。若不慎損傷了薑荷花種球外皮，就算保存的很好，下次再取出移栽，成活率也不是很高。
3、保存環境
薑荷花的種球要保存在溫度不低於20℃的溫暖環境中，並且還要選用木屑、泥炭土等濕潤的基質材料覆蓋住根莖部位，然後再用幹淨戳孔的塑料袋包裹住，既保證了通風透氣條件，也做到了保溫保濕。
4、優質種球
保存種球時也要對種球進行區分。種球上球莖的大小與貯藏根的多少，會直接影響切花和種球的產量，所以在挑選種球時，要選用球莖直徑1.5cm以上，且帶3個以上貯藏根的種球為宜。
