使用發酵不徹底的雞糞後將手插入土壤中會感覺土壤溫度較高。尤其是冬春施用雞糞安全隱患最大，此時大棚內溫度高，雞糞發酵會散發大量熱量導致燒根現象；果園冬春兩季使用雞糞正值根係休眠前後，一旦燒根將影響養分積累和來年開花結果。
雞糞發酵不徹底的危害
雞糞發酵不徹底會損傷作物根係
雞糞在分解過程中產生甲烷、氨氣等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根係損傷，更嚴重的是產生的乙烯氣體抑製根係生長，也是燒根的主要原因。連年使用雞糞，造成根係缺氧、長勢不旺、雞糞施入土壤中，在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性處於缺氧狀態，會使作物生長受到抑製。
雞糞發酵不徹底會酸化土壤
由於雞糞pH值約在4左右，屬於極酸性，會酸化土壤，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，給雞糞攜帶的大量病毒病菌、土傳性帶病細菌、病毒提供了入口和浸染機會，在濕度和溫度一旦達到就會爆發病害。
雞糞發酵不徹底會造成植株萎蔫
使用發酵不徹底雞糞極易造成植株萎蔫，黃枯，萎縮不長，無花無果，甚至死亡；病毒病，疫病，莖基腐病，根腐病，青枯病成為使用雞糞最明顯的後遺症，雞糞還是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。雞飼養過程中飼料中含有大量激素，防治病害也會使用抗生素，這些都會通過雞糞帶入土壤，從而影響農產品安全。
雞糞中含有重金屬
雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，汙染地下水源和土壤，有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。
