水稻矮縮病用寧南黴素、鹽酸嗎啉呱、香茹多糖、細胞分裂劑嗎呱乙酸銅、氨基寡糖素、香茹多糖以及鋅噴灑防治。要注意噴灑的次數和間隔天數。一般是間隔5到7天噴灑一次，連續要噴灑兩三次。此外，平時管理的時候就要加強管理，促使稻苗早法，這樣能提高抗病能力。
水稻黑條矮化病俗稱“矮稻”，這是一種病毒病，容易導致水稻減產減質，小麥是灰飛虱越冬和春季繁殖的主要宿主，也是黑色條紋矮化病毒的重要宿主。幼苗田應盡量遠離麥田，如果條件允許可以將水育苗改為幹育苗。
雖然目前尚無抗稻瘟病的品種，但可以根據實際情況選擇綜合抗病力強，病情較輕的雜交釉稻品種，如良優6326，新良優6號等，此外種子播種前用高巧或噻蟲嗪拌種，或用10%除蟲菊或25%氯嗪酮可濕性粉劑浸種或用300-500倍液拌種，浸種12小時，可以有效防治。
水稻矮縮病的防治
適當晚播，水稻的晚播可以避免早期成蟲的遷移和傳播。播種晚可減少或避免第一代成蟲遷移到田間，有利於在苗田中撲滅它們。雜交水稻可適當推遲至5月5日至00日播種。粳稻應在5月15日左右播種，大型苗木應在6月中下旬種植，可以有效防止第一代灰飛虱成蟲直接遷移到田間傳播和繁殖，並減少第二代的數量。
水稻幼苗期和田間早期對灰飛虱的控製。在水稻苗期和定植後的田間植物分布期殺死灰飛虱是控製水稻黑條矮化病的重要措施。從第一代灰飛虱成蟲開始遷移以來，應繼續進行防治工作，直到水稻幼苗進入拔節期為止。
為了控製第一代若蟲，應混合使用速效和長效藥物，以及時殺死蠕蟲，最大程度地減少毒素傳播量，縮短傳播時間，並減少第二代的堿值。可用苯酚酮加敵敵畏。為了控製第二代和第三代若蟲，應在卵孵化期間使用該藥，並且應在大量中毒之前及早消除該若蟲。
