發育不良：根係發育不良，無法正常的輸送水分和養分。 氮肥過量：在水稻生育期追施過量的氮肥，導致植株長勢較差，後期出現黑粒的現象。 感染病害：水稻感染鞘腐病後，包子上有病斑處稻粒會變成黑褐色。
水稻出現黑稻粒的原因
1、發育不良
水稻出現黑稻粒，主要原因是因為種植後根係發育不良，無法正常的輸送水分和養分，造成這種現象，大多跟地塊不透氣、土質黏重、土壤中細菌過多有關。
2、氮肥過量
在水稻生長過長中，施加大量的氮肥，尤其是尿素，會導致秧苗長勢較差，結穗期出現黑粒的現象，在水稻生育期，應該少施氮肥，多施加其它微量元素較多的肥料。
3、感染病害
鞘腐病多是真菌病害，病斑主要發生在水稻劍葉葉鞘上，開始呈褐色小斑，逐漸擴大為不定型、顏色深淺不同的褐色斑塊，包子上有病斑處稻粒會變成黑褐色。
4、防治方法
水稻苗期施肥，返青肥宜選用速效性的氮肥，如硫銨、氯氨等，不宜選用緩釋的尿素，在打苞孕穗期和灌漿期噴施咪鮮胺、稻瘟靈、多抗黴素等藥劑。
