辣椒早疫病和晚疫病的病原不同；辣椒早疫病病原為茄鏈格孢。辣椒晚疫病病原為辣椒疫黴菌。
辣椒早疫病和晚疫病的區別
苗期發病的特征不同；
辣椒早疫病多在辣椒幼苗3-5葉期發生，導致葉尖和頂芽腐爛，形成無頂苗。辣椒晚疫病表現為莖基部呈暗綠色水浸狀軟腐或者猝倒，因此又被稱為苗期猝倒病。
成株期發病的特征不同；
辣椒早疫病的葉片受害後，在發病初期呈水漬暗褐色的小斑點，隨後擴大呈圓形或橢圓形；而莖部被害後呈灰褐色的橢圓形，稍凹陷。辣椒晚疫病的葉片染病後會出現汙褐色且邊緣不明顯的病斑，而病葉會很快濕腐脫落；莖染病後，在發病初期，有水浸狀的斑，病情擴展後就會變成“黑杆”。
辣椒早疫病和晚疫病的防治
防治辣椒早疫病的方法：
選用抗病品種並在地勢高、向陽的田塊種植，方便雨季排水。平時注意田間的通風，降低溫濕度，發現病葉後需要及時帶出田外深埋。種子消毒可用50%多菌靈500-600倍液浸種20分鍾，隨後用清水衝洗幹淨後，再晾幹播種。
噴藥防治可用72%錳鋅霜脲可濕性粉劑600倍液、72%克抗靈可濕性粉劑600倍液等藥劑防治，每隔7-10天噴1次，連續防治2-3次。
防治辣椒晚疫病的方法：
實行輪作，增施有機肥料、磷鉀肥和微肥，適量施用氮肥，改善土壤結構。在管理時，需盡量減少人為機械創傷，避免造成傷口，若莖幹發病，可用200倍70%代森錳鋅藥液塗抹病斑。
可用25%甲霜靈可濕性粉劑700倍液對病穴以及周圍植株進行灌根，每株藥液量為250g，灌1-2次，間隔期為5-7天。可在發病初期用72%克露可濕性粉劑500倍液防治。
