沼液中含有豐富的營養物質和維生素、生長素等生物活性物質，這些在發酵過程中形成的小分子物質，其結構簡單，易於被作物吸收，能向作物提供氮、磷、鉀等主要營養元素。有助於植物體內的氮代謝，可以促進植物根係發育，增強植株的抗病能力，使得沼液作為一種液態速效肥料，具有較好增產效果。
沼液做肥料的具體作用
改善土壤理化性質；
將沼液作為有機肥料連續施用能夠改善土壤的理化性質，不僅補充土壤的營養還可以增加種植層深度，有利於土壤團粒結構的形成，為土壤耕作和農作物生長創造了良好的土壤條件，提高土壤氮、磷、鉀和有機質的含量。
此外，施用沼液可以不同程度的活化土壤中的銅、鋅、鐵等微量元素，調整土壤的碳氮比滿足土壤微生物的營養需求，活化土壤中的某些酶，建立良好的土壤環境。
提升作物品質
農作物的品質包括維生素、糖分、硝酸鹽以及蛋白質和礦質元素等因子。
研究表明，施用沼液能使農產品的溶性糖、維C、蛋白質、礦物質含量等大大提高，無論在營養方麵，或是果實的口感風味都有很大的提升。同時，沼液中含有包括鉬、錳等多種微量元素，有利於提高硝酸還原酶的活性，可以有效降低植株體內硝酸鹽的積累。
防病抑菌
沼液除了有改良土壤、提高農產品的品質外，還具有防病抑菌的作用，對某些植物病原菌有明顯的抑製作用。經過厭氧發酵後的沼液不會帶活病菌和蟲卵，而且沼液本身含有殘留菌群的代謝產物，如微生物產生的各種酶類物質、生長繁殖必須的氨基酸類、維生素類、有機酸類、抗生素類、腐植酸類和植物激素等等。
植物激素能有效的促進和刺激植物的生長發育，族維生素類可促進植物的生長發育，能增加作物抵抗病蟲害的能力；而抗生素類能有效抑製和殺滅植物病原菌，增強植物的抗病能力。
